トイレの便器の水が溜まる部分に黒い線が残っています。そうした汚れも落として施工できるのでしょうか？

もちろん施工は可能です。一度、汚れをキレイに落としてから、リニューアルコーティング剤を塗布することで、光沢が出て、汚れが付きにくくなります。